拜耳公司于1863年由弗里德里希-拜耳在德国创建。1899年3月6日拜耳获得了阿司匹林的注册商标，该商标后来成为全世界使用最广泛、知名度最高的药品品牌，并为拜耳带来了难以想象的巨额利润。1925年公司同其他几家化学公司合并建立法本化学工业公司，战后被拆散。1951年成为独立的法本继承公司，称拜耳颜料公司，1972年取名“拜耳公司”。
公司的总部位于德国的勒沃库森，在六大洲的200个地点建有750家生产厂；拥有120,000名员工及350家分支机构，几乎遍布世界各国。高分子、医药保健、化工以及农业是公司的四大支柱产业。公司的产品种类超过10，000种，是德国最大的产业集团。拜耳的发展史就是对更高生活质量的不断追求。 拜耳公司分为3个子集团公司，分别是：拜耳材料科技，拜耳农作物科学，拜耳医药。
该企业在2009年度《财富》全球最大五百家公司排名中名列第一百五十四。
2005年拜耳通过收购罗氏非处方药部门，拜耳已经跻身世界非处方药三强；拜耳医药的处方药部继续专注于心血管病、糖尿病、感染和泌尿系统等常用药物领域，并加速发展专科药物，如肿瘤药物的开发。
拜耳医药保健是拜耳集团的子公司，总部位于德国勒沃库森，是一家在世界医药保健领域内居领先地位的创新型医药公司。公司在全球范围内经营动物保健、保健消费品、糖尿病保健和处方药等业务。拜耳医药保健的目标是在全球发现并生产可以促进人类和动物健康的产品。2005年拜耳医药保健全球销售额达94亿欧元。
拜耳历史 染料推销员Friedrich Bayer和主染色员Johann Friedrich Weskott合作创立了“Friedr. Bayer et comp.”，以生产和销售合成染料。
尽管使用煤焦油衍生物生产染料的历史仅有几年，却为年轻的化工行业开创了全新的业务领域。
公司在Wuppertal-Elberfeld设立了科学实验室（1878至1912年间为公司总部），制定了行业研究的新标准。经过不懈努力及孜孜探索，拜耳研发出了众多中间产品、染料和药品，其中包括“世纪之药”——阿司匹林。阿司匹林由Felix Hoffmann开发，于1899年投放市场。在这段时期，拜耳已在国际上占有一席之地，出口远至中国，并在俄罗斯、法国、比利时、英国和美国设立了分公司。阿司匹林也在拜耳的努力下，成为了历史上最畅销的药品之一。 同时，拜耳也确立了自己在全球医药市场的霸主地位。
随着时间的推移，事实证明Elberfeld已无法满足继续扩张的需求。因此，拜耳首先于1891年收购了Dr. Carl Leverkus & Sons North of Cologne工厂，继而购买了莱茵河沿岸的一些其它土地。1912年，公司总部迁至勒沃库森。
二战以后，拜耳又一次集中精力投身研发工作，为重新建立业务运营奠定了基础。聚氨酯化工的进一步发展、新作物保护产品、聚丙烯腈纤维Dralon等纤维、热塑材料模克隆、新合成纤维染料和其他诸多发明均在公司的扩张进程中发挥了举足轻重的作用。心脑血管药、皮肤抗真菌药、广谱抗生素等新产品相继从拜耳的制药实验室诞生。
1988年，拜耳庆祝成立125周年。同年，拜耳集团成为首家在东京股票交易所上市的德国公司。
1994年，拜耳收购了Sterling Winthrop的北美自我药疗企业——这是公司历史上的一大里程碑事件，因为此次收购使公司得以在美国重新使用“拜耳”作为公司名称。这是75年来拜耳首次以自己的名称并以拜耳十字标识作为企业标识在美国开展运营。1995年，美国的Miles Inc.被重新命名为拜耳公司。
2002年，拜耳股票以BAY为股票代号在全球最重要的证券市场——纽约证券交易所上市。同年7月1日，拜耳集团开始公司历史上最大规模的一次重组，从而形成了公司目前的组织结构。